本文提出一种基于AlphaFold3的蛋白质-配体复合物预测新策略，通过利用纯化的MSA序列，提高了预测的准确性，尤其针对配体诱导受体非典型或变构构象变化的情况。该方法通过迭代富集和基于投票的MSA序列选择，实现了对稀有或欠代表的结合构象的定向预测。结果表明，该方法显著提高了预测精度，且不依赖于已知结合结构信息，对多种蛋白家族适用。发表于 2025年06月03日

原文链接：https://arxiv.org/abs/2506.00147